Grundriss der Krypta

Zur Krypta führen aus den östlichen Konchen des Dekagons zwei schmale Gänge. Der Bereich zwischen Chor und Dekagon ist mehrfach umgestaltet worden. So hat man Ende des 19. Jh. zwei weitere Durchgänge, nahe der Confessio, angelegt, die jetzt aber im Westen wieder verschlossen sind.

Eine doppelte Arkade öffnet, wohl erst Anfang des 13. Jh. hinzugefügt, in der Krypta den Blick auf die dort übereinander gestellten Sarkophage. Eine Doppelsäule mit zierlichem Kapitell trennt die Bögen. Darüber ist Ende des 13. Jh. eine Kreuzigung als Wandmalerei gesetzt worden, der St. Gereon und die hl. Helena, die legendäre Gründerin der Kirche, als Assistenzfiguren beigegeben sind. Aus der gleichen Zeit um 1300 stammen die weiter östlich sichtbaren Rankenornamente in den Kreuzgratgewölben. Noch aus der staufischen Bauzeit stammt die nur fragmentarisch erhaltene Inschrift auf einem der östlichen Kapitelle: 
„IN HAC TUMBA CONDITUM EST..." - 
in diesem Grabmal ist beigesetzt... 
Damit wird wohl darauf angespielt, dass man Reliquien der Thebäer (?) im Kapitell untergebracht hat. Kostbarster Bestand der Krypta sind die im östlichen Teil Ende des 19. Jh. neu verlegten Reste des staufischen Fußbodenmosaiks aus dem Chor.

Aus Berichten des 16. Jh. ist bekannt, dass es schon damals nur noch fragmentarisch erhalten war. Im 17. Jh. vom Chor in die Krypta verlegt, hat man seinen Bruchstücken früh im 19. Jh. Aufmerksamkeit geschenkt. Der Maler Tony Avenarius hat dann die Bruchstücke als „Puzzle" angesehen, durchgepaust, wieder zusammengesetzt und ergänzt. In zwölf großen Feldern werden, eindrucksvoll knapp, Szenen aus den Geschichten um David und Samson als Vorläufer Christi erzählt. Kleinere Felder mit Tierkreiszeichen, stark ergänzt, runden das Bild ab. Italienische Vorbilder sind zu erkennen.