Im zweiten Weltkrieg wird die Kirche zunächst durch Brandbomben (31. Mai 1942) und schließlich durch Sprengbombentreffer (31. Oktober 1944) erheblich zerstört. Zwei Seiten des Dekagons sind von den Gewölben bis zu den Fundamenten weggerissen worden, fast die gesamte Innenausstattung, darunter die Orgel ist verloren gegangen.
Die Aufräumungs- und Wiederherstellungsarbeiten nach Kriegsende laufen in der ersten Zeit nur schleppend an. Nachdem zunächst nur die Krypta, die die Kriegsereignisse einigermaßen unbeschadet überstanden hat, für den Gottesdienst zur Verfügung steht, ist nach 1949 auch der Hochchor soweit wieder hergestellt, dass er von der Gemeinde genutzt werden kann.