Größere Bauunternehmungen stellen in gotischer Zeit nur die Erneuerung der Sakristei und die gotische Umwandlung des Chores dar. 1319, als der Priesterkanoniker Johannes von Stayburg den Altar der Sakristei dotiert, ihn mit Einkünften versieht, die einen Vikar ernähren sollen, wird der Bau vollendet sein. Die vierbahnigen Fenster der Sakristei entsprechen im Maßwerk fast den Fenstern des Chorumgangs im Dom. Sie sind nur wenig bescheidener angelegt. Prunkvoll, Vorstufe für das Blendmaßwerk der Nordwand des Hansasaals im Rathaus, wird das Blendmaßwerk an der Südwand der Sakristei. Hier wird ein Reichtum ausgespielt, den man bei offenen Maßwerken nicht durchführen wollte.

Die Fenster sind im Maßwerk bescheidener. Sie bewahren noch im Unterteil einen Heiligenfries der kostbaren Fenster des frühen 14. Jahrhunderts. Wilhelm Buschulte hat sie kongenial fortgesetzt.

Die Sakristei ist heute zugleich Schatzkammer der Kirche, die Grabungsfunde und Kirchengerät vom frühen Mittelalter bis heute bewahrt. Aus der mittelalterlichen Bauzeit, dem Höhepunkt der Architektur des Dekagons entsprechend, stammen zwei kostbare Armreliquiare, deren Emails Gereon und Helena - mit der ältesten Darstellung der Kirche -, auch den Stifter/ Propst Arnold von Born, zeigen. 

Stiftsbild
Modell aus dem Stadtmuseum

Von schlichter Präzision sind dagegen die Maßwerkfenster und Gewölbe, die in den beiden Chorjochen in der zweiten Hälfte des 14. Jh. eingefügt werden. Heinrich Suderiand, Mitglied des Stiftskapitels, stiftet sie. Er stirbt 1404. Das Memorialbuch des Stiftes notiert zwar auch, dass er außerdem die Vorhalle und zwei Flügel des untergegangenen Kreuzganges wölben ließ, berichtet aber nicht, in welchen Jahren diese Arbeiten durchgeführt wurden. Die Konsolen der Gewölbe der Vorhalle mit ihrer Versammlung erschreckender Dämonen - nur ein Engel mit erlösender Botschaft ist dazwischen - bieten ein beängstigendes Bild von der Furcht, die das späte Mittelalter bewegte.

Ein solcher Bau bedarf ständiger Pflege und muss immer wieder einmal den Erfordernissen der sich wandelnden Liturgie angepasst werden. Die zufällig überlieferte Aktion des Dekans Wilhelm de Schinnis ist nur ein Beispiel für viele, die wir nicht kennen. Im 17. und 18. Jh. ist man dabei besonders aktiv. Es werden sogar die Fenster der Apsis vergrößert, um barockem Lichtbedürfnis zu genügen. 
So ist von den aufeinander folgenden Ausstattungen oft nur ein Rest als Monument zu entdecken, das einst Teil eines groß angelegten Konzepts war. Am Ende der barocken Ausstattungsphase hat sich das Kapitel sogar noch entschlossen, die Glocken neu gießen zu lassen. Drei der fünf Glocken, die der berühmte Glockengießer Martin Legros 1779 goss, sind noch erhalten. Die beiden größten Glocken wurden 1942 im Brand des Südturmes zerstört. Sie wurden 1961 in der Glockengießerei Mabilon & Co., Saarburg neu gegossen. Das Geläut ist auch nach dem Neuguss abgestimmt auf: - b° - c' - d' - es' -1' -.

Einschneidende Eingriffe in die Bausubstanz und in die Gestaltung der Umgebung der Kirche bringt die Säkularisation. Die Cäcilienkapelle auf der Nordseite des Dekagons und der Treppenturm werden wegen Baufälligkeit abgerissen. Kreuzgang und Stiftsgebäude folgen. Nach den Grabungen des Jahres 1988 hat man die Grundmauern der Caecilien-Kapelle sichtbar stehen lassen. Der Treppenturm wurde bereits im 19. Jh. erneuert. Die Gestalt der Vorhalle wird verändert. Die letzte großzügig geplante Ausstattung, die August von Essenwein entworfen hatte, ist im letzten Krieg vernichtet worden. Eine neue Konzeption ist an ihre Stelle getreten. Das lässt sich am einfachsten erfassen, wenn man mit bedachtem Blick auf diese Spuren der Vergangenheit die Räume noch einmal abschreitet.